校舎によってクラス編成（クラス分け）や名称が違うので混乱しやすいです。
首都圏の校舎について、私の理解している範囲で書いてみます。
（間違いもあるかもしれません。また今回書いているのは2015年1月現在の情報です。クラス名称は変遷があるようです。）
◆前提１：日能研では、基礎クラスと応用クラスがあります。テキストは同じですが、カリキュラムテスト（カリテ）の問題が違ったり、6年になると通塾日数も違ったりします。
◆前提２：クラス数に数字がついている場合、１と２だと２のほうが上位クラスです。
◆前提３：首都圏の校舎には、「本部系」「関東系」の校舎があります。 （本部系、関東系についてはこちら）
■本部系の場合
基礎クラス→Ｗクラス
応用クラス→Ｇクラス、Ｒクラス
ＧクラスとＲクラスの設定がある場合、Ｒクラスのほうが上位クラスのようです。
校舎によってＲクラスの設定がない場合もあります。
・クラス編成例（全部で4クラスの場合）
例1：Ｒ、Ｇ、Ｗ２、Ｗ１
例2：Ｇ２、Ｇ１、Ｗ２、Ｗ１
例3：Ｇ、Ｗ３、Ｗ２、Ｗ１
例1と例2は、応用クラス２つと基礎クラス２つですね。例3は基礎が３クラス。
例1と例2の違いは何が違うのでしょうか。ＧクラスとＲクラスの名称は、授業でより思考力系を重視するクラスがＲとの説明があったりしますが、どこまで差があるか私にはわかりません。
「ウチの子供はＲクラスだから、他校舎のＧクラスのあの子よりスゴイ！」と一概には言えないようです。
さて、上記の説明の通り、本部系の校舎では、（Ｒ）、Ｇ、Ｗ とクラス名称がつけられているのですが、それに加えて、「Ｍ」、「Ａ」という名称も使われます。
「Ｍ」は応用クラス、「Ａ」は基礎クラスを指しているようです。
季節講習などで幾つかの校舎からの集合クラスが編成される場合、「集合Ｍ」という名称がついていたりします。
新学年で新しいクラス通知の際、通知欄に「Ｇクラス」と書いてあっても、用紙の端に書かれている識別記号には、「ＧＭ」と書かれていたりもします。 同じくＷクラスの子は「ＷＡ」となります。
ややこしいですね。。
（追記：6年後半はＭとＡのクラス表示がメインになるようです）
■関東系の場合
基礎クラス→Ａクラス
応用クラス→Ｍクラス です。
いくつかの校舎では、「特Ｍ」というクラスがあるようです。難関校を目指して応用クラス＋αの授業展開をするとのことで、遠方から通う方もいらっしゃるようです。
・クラス編成例（全部で4クラスの場合）
例1：Ｍ２、Ｍ１、Ａ２、Ａ１
例2：特Ｍ、Ｍ１、Ａ２、Ａ１
例3：Ｍ１、Ａ３、Ａ２、Ａ１
例1と例2は、応用クラス２つと基礎クラス２つですね。例3は基礎が３クラス。 特Ｍは本科テキストに加えてオリジナルのプリントもあるようですし、授業内容も違いそうですね。
例1のような場合に、ＲＭ、ＧＭ、Ａ２、Ａ１という表記にする教室もあるようです。
首都圏のクラス編成については以上になりますが、他地域については例えば名古屋の千種校では6年生のクラス編成が Ｚ→Ｇ→Ｍ→Ａだったり（ＨＰより）、関西では灘特進コースがあったりクラス編成が異なるようです。
東京・千住の日能研に通ってました。
2012年（４年）、２０１３年（５年）は、
R,Wのクラス分けでしたが、
２０１４年（６年）は、M、Aのクラス分けになりました。
本部から、関東に変わったのでしょうか？
コメントありがとうございます。
千住校舎は本部系だと認識しています。関東系には変わっていないと思います。
ですが、生憎内部の人間ではなくイチ保護者ですので詳しくは把握しておりません。
記事でも触れましたが、今年度の本部系の6年生はGやRクラスで、一部Mと併記されているようです。6年後期になると関東系との合同日特になるので、Mに統一という形にもなるかと思います。